Las partes del cerdo utilizadas para la producción de bacon y el tratamiento de las misma varía en los diversos países, por lo que también difieren los tipos de alteración y los gérmenes que lo producen. Las pancetas que se emplean en el procedimiento americano apenas si sufre alteraciones y al parecer salen del ahumador casi libres de mohos y levaduras y con un contenido bajo en bacterias.
Ordinariamente aparece en ellas Streptococos faecalis, en virtud de la tolerancia a la sal y su capacidad de desarrollo a temperaturas bajas. Los microorganismos más importantes en el deterioro del bacon son los mohos, especialmente si se trata del producto cortado en lonchas, empaquetado y conservado en neveras domésticas. Al final del verano y principios de otoño son peligrosos los Aspergillus, Alternaria, Monilia, Oidium, Fusarium, Mucor, Rhizopus, Botrytis y Penicillium. Las pancetas saladas en seco y las de estilo Oxford presentan problemas microbianos. Cualquier enranciamiento sufrido se debe en general a causas químicas.
El bacon en lonchas, cuando permanece en las envolturas sin abrir, sufre alteraciones principalmente debida a Lactobacilos, pero también pueden crecer micrococos y estreptococos fecales, especialmente si la envoltura es algo permeable al oxigeno. Después de abierto el paquete pude presentarse alteración debido a mohos.